U盘的FAT32和NTFS文件系统主要存在以下区别：

1. 兼容性：FAT32兼容性更好，可以在包括Windows、Linux和Mac OS等在内的多个操作系统上被读取。而NTFS格式化后一般只能被Windows系统使用，在其他操作系统上的兼容性需要额外配置或使用相关软件。但是近年来随着操作系统的跨平台融合，这一差距正在缩小。另外要注意的是，对于早期版本的操作系统如Windows XP和Vista，NTFS的兼容性相对较差。如果外接磁盘（如U盘）选择了NTFS格式且未设置任何分区符号的话，其可读性有一定概率变差。对此可通过专用的软件进行辅助恢复来实现完整的数据读取功能。但需注意避免格式化，否则可能丢失重要数据。此外，NTFS文件系统的兼容性问题在某些特定应用场景（如数据库迁移环境等）需要重点关注。可以通过更改默认的备份权限来增加读写跨平台软件的适应性等解决部分问题。

2. 性能差异：NTFS文件系统相较于FAT系统具有更高的安全性和功能性，包括支持长文件名、更高的磁盘压缩效率等。此外，NTFS允许用户设置文件权限，保护文件不被其他用户轻易访问。此外由于其更高的稳定性和更大的兼容性特点可以实现对大型数据文件和重要数据的支持性能更完善的安全机制进行文件的读取保护及文件内容的完整保护。相比之下，FAT文件系统在性能上相对较弱。FAT文件系统主要用于小磁盘分区和嵌入式系统，而NTFS则更适合用于大容量存储产品如大容量U盘等。因此从性能角度来看NTFS更适合于存储和传输重要文件内容对于重要的视频文件和图像资料的传输U盘中的ntfs模式更有优势同时FAT系统在响应速度方面更优因此在面对数据量较小读写量较小的时候速度可能更快尤其是在当前的信息化办公条件下包含资料等的不同项目陆续的发展趋于规模化同时涉及到数据安全问题因此采用FAT系统的u盘会在病毒预防上有较好的适应性保障小型信息的有效管理流通同时也一定程度上减少大数据平台所遭受的不良风险破坏问题等攻击因素。总的来说，NTFS在性能上优于FAT系统，特别是在处理大型文件和复杂的数据处理时更为强大且不容易受到系统故障的攻击和不良软件方面的控制阻碍数据安全处理和信息运用系统一体化管理工作能力的发展。但请注意具体性能表现还取决于具体的设备和应用场景。

总的来说，FAT32和NTFS各有其特点和优势，选择哪种文件系统取决于具体需求和使用场景。如需更多信息可以咨询计算机专业人士获取更详细的解答。另外在实际应用过程中需要根据实际工作内容和应用场景灵活选择不同文件系统并进行相应调整以获得最佳的工作效能。