制作U盘启动盘的工具有很多种，每个工具都有其特点和优势。关于哪个工具最干净，这取决于个人使用经验和观点，以下是几个常用的U盘启动盘制作工具推荐及其特点：

1. Rufus：Rufus是一个开源工具，简单易用，能够快速制作启动盘。它支持多种操作系统，包括Windows、Linux和macOS等。Rufus对U盘启动盘的制作过程进行了优化，被认为是较为干净的工具之一。

2. UNetbootin：UNetbootin是另一个流行的开源工具，支持从ISO文件或硬盘驱动器创建多系统启动USB。它能够制作多种操作系统的启动盘，包括Linux、Windows、以及其他操作系统。UNetbootin界面简洁明了，易于操作。

3. BalenaEtcher：BalenaEtcher是一个专注于快速、安全地制作启动盘的专用USB烧录软件。它具有简单的用户界面和可靠的功能，可以确保文件的完整性和正确性。虽然它可能没有像其他工具那样拥有丰富的功能，但对于制作启动盘来说已经足够使用。

这些工具在制作U盘启动盘时都相对干净，不会添加不必要的文件或功能。然而，每个人的观点可能会有所不同，建议根据自己的需求和经验选择合适的工具。在制作U盘启动盘之前，请确保下载的工具来自官方或可信来源，以防恶意软件或病毒感染。